Essa é uma opção para o estudante que não poderá cursar nenhuma disciplina naquele semestre, mas deseja manter seu vínculo com a UFC, garantindo assim sua vaga na Universidade. O período de matrícula institucional é o mesmo da matrícula regular, discriminado sempre no Calendário Universitário, salvo no caso de não ter sido feita nenhuma matrícula curricular, quando o período se estende até o ajuste de matrícula. Essa modalidade de matrícula pode ser feita tanto pelo SIGAA quanto na coordenação, e só é permitida para alunos que já concluíram os dois primeiros semestres de seus cursos. Além disso, a matrícula institucional só tem validade para um semestre e, para uma duração maior, terá que ser renovada pelo aluno semestralmente, por no máximo, quatro semestres, subsequentes, ou não.
Essa modalidade de vínculo não influencia o cálculo do IRA.