Em 2012 foi sancionada a Lei nº 12.711, também conhecida como Lei de Cotas, que passou a garantir reserva de 50% das vagas ofertadas nas universidades públicas e institutos federais para alunos que cursaram integralmente o ensino médio na rede pública de ensino. Em 2013, a UFC reservou 12,5% de suas vagas a esse segmento, no ano seguinte já adotando o percentual de 50% determinados pela lei.
O critério primordial das cotas é o ensino público. Dentre os 50% de vagas para cotistas, 25% são reservados a estudantes que cursaram todo o ensino médio em escolas públicas, cuja renda familiar bruta per capita é igual ou inferior a 1,5 salário mínimo, e 25%, para alunos que cursaram todo o ensino médio em escolas públicas, independentemente da renda familiar. Dentro de ambos os perfis, há subcotas correspondentes aos candidatos autodeclarados negros, pardos e indígenas no Estado, de acordo com os percentuais dessas populações no último censo demográfico do Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE).
Ao inscrever-se no Sistema de Seleção Unificada (SISU), o estudante informa se pretende disputar a vaga dentro das cotas (que se dividem nas modalidades acima descritas) ou em ampla concorrência.
Na chamada regular, candidatos cotistas só concorrem com os inscritos no seu mesmo tipo de cota. Na Lista de Espera e nas chamadas subsequentes, cotistas concorrem também pela ampla concorrência (podendo ser chamados por ela, caso obtenham nota suficiente) ou por outras modalidades de cota, seguindo a ordem determinada pela Portaria Normativa 18/2012 do Ministério da Educação.